САЙТЫ СВЯЗЫВАНИЯ ЛИГАНДОВ
Keywords:
Кроме того, многие записи PDB или связанные файлы (например, UniProt) имеют аннотации, указывающие, какие остатки образуют сайт связывания.Abstract
Взаимодействия между макромолекулами и малыми молекулами часто происходят в скрытых активных центрах; это могут быть каталитические активные центры, аллостерические сайты или сайты, которые могут либо нарушать, либо стабилизировать белок-белковые взаимодействия. В настоящее время PDB содержит более 37 000 сайтов связывания, включающих около 10 000 различных типов молекул-лигандов. Для характеристики и визуализации этих сайтов доступен ряд методов, в зависимости от вопросов, задаваемых конечным пользователем.
Downloads
References
Харрис Р., Олсон А.Дж. и Гудселл Д.С. Автоматическое предсказание сайтов связывания лигандов в белках. Белки 70 , 1506–1517 (2008).
Вольбер Г. и Косара Р. Фармакофоры из макромолекулярных комплексов с LigandScout. в «Фармакофоры и поиски фармакофоров» (под ред. Лангера, Т. и Хоффмана, Р.Д.), том. 32, 131–150 (Wiley-VCH, Вайнхайм, Германия, 2006 г.)
Моррис, GM и др. AutoDock4 и AutoDockTools4: автоматическая стыковка с возможностью выборочной гибкости рецепторов. Дж. Компьютер. хим. 30 , 2785–2791 (2009).
Геленборг Н. и др. Визуализация данных омики для системной биологии. Нат. Методы 7 , S56–S68 (2010).
